Tenho dados gerais, p. cordas

np.random.seed(343)

arr = np.sort(np.random.randint(5, size=(10, 10)), axis=1).astype(str)
print (arr)
[['0' '1' '1' '2' '2' '3' '3' '4' '4' '4']
 ['1' '2' '2' '2' '3' '3' '3' '4' '4' '4']
 ['0' '2' '2' '2' '2' '3' '3' '4' '4' '4']
 ['0' '1' '2' '2' '3' '3' '3' '4' '4' '4']
 ['0' '1' '1' '1' '2' '2' '2' '2' '4' '4']
 ['0' '0' '1' '1' '2' '3' '3' '3' '4' '4']
 ['0' '0' '2' '2' '2' '2' '2' '2' '3' '4']
 ['0' '0' '1' '1' '1' '2' '2' '2' '3' '3']
 ['0' '1' '1' '2' '2' '2' '3' '4' '4' '4']
 ['0' '1' '1' '2' '2' '2' '2' '2' '4' '4']]

Eu preciso contar com reset se a diferença para o contador de valores cumulativos, então são usados os panda

Primeiro crie o DataFrame:

df = pd.DataFrame(arr)
print (df)
   0  1  2  3  4  5  6  7  8  9
0  0  1  1  2  2  3  3  4  4  4
1  1  2  2  2  3  3  3  4  4  4
2  0  2  2  2  2  3  3  4  4  4
3  0  1  2  2  3  3  3  4  4  4
4  0  1  1  1  2  2  2  2  4  4
5  0  0  1  1  2  3  3  3  4  4
6  0  0  2  2  2  2  2  2  3  4
7  0  0  1  1  1  2  2  2  3  3
8  0  1  1  2  2  2  3  4  4  4
9  0  1  1  2  2  2  2  2  4  4

Como funciona para uma coluna:

Primeiramente compare os dados deslocados e adicione a soma cumulativa:

a = (df[0] != df[0].shift()).cumsum()
print (a)
0    1
1    2
2    3
3    3
4    3
5    3
6    3
7    3
8    3
9    3
Name: 0, dtype: int32

E depois chameGroupBy.cumcount:

b = a.groupby(a).cumcount() + 1
print (b)
0    1
1    1
2    1
3    2
4    3
5    4
6    5
7    6
8    7
9    8
dtype: int64

Se quiser aplicar solução para todas as colunas é possível usarapply:

print (df.apply(lambda x: x.groupby((x != x.shift()).cumsum()).cumcount() + 1))
   0  1  2  3  4  5  6  7  8  9
0  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1
1  1  1  1  2  1  2  2  2  2  2
2  1  2  2  3  1  3  3  3  3  3
3  2  1  3  4  1  4  4  4  4  4
4  3  2  1  1  1  1  1  1  5  5
5  4  1  2  2  2  1  1  1  6  6
6  5  2  1  1  3  1  1  1  1  7
7  6  3  1  1  1  2  2  2  2  1
8  7  1  2  1  1  3  1  1  1  1
9  8  2  3  2  2  4  1  1  2  2

Mas é lento, porque grandes dados. É possível criar uma solução rápida e numpy?

Eu acho solutions trabalhando apenas para uma matriz 1