Especificamente é:

mov %eax, %ds

Mais lento que

mov %eax, %ebx

Ou eles têm a mesma velocidade. Pesquisei on-line, mas não consegui encontrar uma resposta definitiva.

Não tenho certeza se essa é uma pergunta boba, mas acho que a modificação de um registro de segmentação pode fazer com que o processador faça um trabalho extra.

NB: Estou preocupado com cpus Linux x86 antigos, não cpus x86_64 modernos, onde a segmentação funciona de maneira diferente.