Atualmente, estou testando o AppX para um cliente. O Appx é bastante fácil para aplicativos pequenos, como o Adobe Reader e assim por diante.

alguém tem alguma experiência em compactar aplicativos maiores com vários arquivos MSI e possíveis alterações no registro, alterações no arquivo e assim por diante?

como você especifica vários arquivos MSI é possível? a documentação não é específica sobre como você consegue isso.