Actualmente estoy probando AppX para un cliente. Appx es bastante fácil para aplicaciones pequeñas como Adobe Reader, etc.

¿Alguien tiene alguna experiencia en empaquetar aplicaciones más grandes con múltiples archivos MSI y posibles cambios en el registro, cambios de archivos, etc.?

¿Cómo se pueden especificar múltiples archivos MSI? la documentación no es específica en cómo lo logras.