Tenho a seguinte convenção para a maioria dos meus projetos:

/src
    /Solution.sln
    /SolutionFolder
        /Project1
        /Project2
        /etc..
/lib
    /Moq
        moq.dll
        license.txt
    /Yui-Compressor
        yui.compressor.dll
/tools
    /ILMerge
        ilmerge.exe

Você notará que eunão manter bibliotecas externasdentro a pasta de origem. Também estou muito interessado em usar o NuGet, mas não quero essas bibliotecas externas dentro da pasta de origem. O NuGet tem uma configuração para alterar o diretório em que todos os pacotes são carregados?