Tengo la siguiente convención para la mayoría de mis proyectos:

/src
    /Solution.sln
    /SolutionFolder
        /Project1
        /Project2
        /etc..
/lib
    /Moq
        moq.dll
        license.txt
    /Yui-Compressor
        yui.compressor.dll
/tools
    /ILMerge
        ilmerge.exe

Notarás que lo hagono mantener bibliotecas externasdentro la carpeta fuente También estoy muy interesado en usar NuGet pero no quiero estas bibliotecas externas dentro de la carpeta de origen. ¿NuGet tiene una configuración para cambiar el directorio en el que se cargan todos los paquetes?