Estou usando o Anaconda para gerenciar minha R-instalação. Ele funciona muito bem para pacotes disponíveis nos canais R fornecidos pelo Anaconda, mas estou tendo problemas para instalar pacotes não contidos nos repositórios do Anaconda.

Eu tentei algumas abordagens diferentes, todas listadas abaixo, juntamente com a saída de erro.

1install.packages('rafalib')

Sugerido para trabalhar aquiconda - Como instalar pacotes R que não estão disponíveis no "R-essentials"?. Minhas.libPaths() aponta para'/home/user/anaconda2/lib/R/library'.

Fora:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Can't find a usable init.tcl in the following directories: 
    /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

Eu instaleitcl do canal condar-old, masinstall.packages() ainda lançou a mesma mensagem de erro.

2)options(menu.graphics=FALSE) e depoisinstall.packages('rafalib')

Peguei uma lista de espelhos e escolhi um.

Fora:

Selection: 15
trying URL 'http://cran.utstat.utoronto.ca/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmphwpta0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

2 e 3 são deDesativar / suprimir pop-up tcltk para seleção de espelho CRAN em R

3. Colocar o espelho em~/.Rprofile

Antes de tentarinstall.packages(), Adicionei o seguinte ao meu~/.Rprofile.

## Default repo
local({r <- getOption("repos");
       r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"; 
       options(repos=r)})

Fora:

trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmppIz9rT/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

4. Defina o método de download como 'curl' ou 'wget'.

Mantendo o novo~/.Rprofile configuration. Eu acho que isso não era necessário, pois o pacote parece estar baixando bem agora, mas eu o testei por precaução.

Fora:

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package ‘rafalib’ failed
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  download had nonzero exit status

5. Manualdownload de rafalib

install.packages('../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz', repos=NULL, type='source')

Fora:

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning message:
In install.packages("../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status

6. Construindo um pacote conda a partir derafalib

Abri um problema separado para esteErros ao criar pacotes R para conda. Em resumo, reclama de falta de dependências que eu já instalei.Atualizar Eu resolvi o problema da dependência e agora estou preso ao mesmorl_signal_event_hook-error quanto às minhas outras abordagens.

7)sudo ln /usr/lib/libncursesw.so.6 /usr/lib/libncursesw.so.5

Conformehttps://github.com/conda/conda/issues/1679, mas não resolveu o problema para mim.

Parece que agora posso fazer o download do pacote, mas a instalação falha. Eu vi a mensagem de errosh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook anteriormente ao usar R comirkernel noJupyter Notebook, mas nunca obstruiu meu trabalho. Eu nunca vi nada relacionado a essa mensagem de erro ao executar o python no anaconda.

Estou sem idéias. Alguém sabe como eu posso instalar pacotes R não fornecidos pelo anaconda, comorafalib ouswirl?

Estou no Linux (Antergos, um derivado do Arch) com o kernel 4.4.5-1-ARCH.

ATUALIZAÇÃO 15/04/2016

Há algumdiscussão relacionada neste tópico. Tentei solucionar esse erro instalando versões diferentes do ncurses, incluindoesta versão corrigida, e tentei vincular as bibliotecas readline,como sugerido aqui, mas continuo com o mesmo erro. Estou bastante perdido neste momento e qualquer ajuda para resolver isso seria muito apreciada.