Estoy usando Anaconda para administrar mi instalación R. Funciona muy bien para los paquetes disponibles en los canales R proporcionados por Anaconda, pero tengo problemas para instalar paquetes que no figuran en los repositorios de Anaconda.

He intentado algunos enfoques diferentes, todos enumerados a continuación junto con su salida de error.

1)install.packages('rafalib')

Sugerido para trabajar aquíconda - ¿Cómo instalar paquetes R que no están disponibles en "R-essentials"?. Mi.libPaths() puntos a'/home/user/anaconda2/lib/R/library'.

Fuera:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) : 
  unsupported URL scheme
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Can't find a usable init.tcl in the following directories: 
    /opt/anaconda1anaconda2anaconda3/lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./lib/tcl8.5 ./library ./library ./tcl8.5.18/library ./tcl8.5.18/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

lo instalétcl del canal condar-old, peroinstall.packages() Todavía arrojó el mismo mensaje de error.

2)options(menu.graphics=FALSE) y entoncesinstall.packages('rafalib')

Tengo una lista de espejos y elegí uno.

Fuera:

Selection: 15
trying URL 'http://cran.utstat.utoronto.ca/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmphwpta0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

Tanto 2 como 3 son deDeshabilitar / suprimir la ventana emergente tcltk para la selección de espejo CRAN en R

3. Poner el espejo en~/.Rprofile

Antes de intentarinstall.packages(), Agregué lo siguiente a mi~/.Rprofile.

## Default repo
local({r <- getOption("repos");
       r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"; 
       options(repos=r)})

Fuera:

trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/rafalib_1.0.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 11798 bytes (11 KB)
==================================================
downloaded 11 KB

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmppIz9rT/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rafalib") :
  installation of package ‘rafalib’ had non-zero exit status

4. Establecer el método de descarga en 'curl' o 'wget'.

Manteniendo el nuevo~/.Rprofile configuration. Supongo que esto no era necesario ya que el paquete parece estar descargándose bien ahora, pero lo probé por si acaso.

Fuera:

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :
  download of package ‘rafalib’ failed
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
  download had nonzero exit status

5. Manualdescarga de rafalib

install.packages('../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz', repos=NULL, type='source')

Fuera:

sh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook
Warning message:
In install.packages("../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz", repos = NULL,  :
  installation of package ‘../Downloads/rafalib_1.0.0.tar.gz’ had non-zero exit status

6. Construyendo un paquete conda desderafalib

Abrí un número separado para estoErrores al compilar paquetes R para conda. En resumen, se queja de las dependencias faltantes que ya he instalado.Actualizar Tengo una ronda del problema de dependencia y ahora estoy atrapado en el mismorl_signal_event_hook-error en cuanto a mis otros enfoques.

7)sudo ln /usr/lib/libncursesw.so.6 /usr/lib/libncursesw.so.5

Segúnhttps://github.com/conda/conda/issues/1679, pero no solucionó el problema para mí.

Parece que ahora puedo descargar bien el paquete, pero la instalación falla. He visto el mensaje de errorsh: symbol lookup error: sh: undefined symbol: rl_signal_event_hook previamente cuando se usa R conirkernel en elJupyter Notebook, pero nunca ha obstruido mi trabajo. Nunca he visto nada relacionado con ese mensaje de error al ejecutar Python a través de anaconda.

Estoy sin ideas. ¿Alguien sabe cómo puedo instalar paquetes R no proporcionados por anaconda, comorafalib oswirl?

Estoy en Linux (Antergos, un derivado de Arch) con el kernel 4.4.5-1-ARCH.

ACTUALIZACIÓN 2016/04/15

Hay algunosdiscusión relacionada en este hilo. He intentado evitar este error instalando diferentes versiones de ncurses, que incluyenesta versión parcheada, y he tratado de vincular las bibliotecas readline,como se sugiere aquí, pero sigo encontrando el mismo error. Estoy bastante perdido en este punto y cualquier ayuda para resolver esto sería muy apreciada.