Eu tenho uma grande lista de coordenadas x e y, armazenadas em umnumpy array.

Coordinates = [[ 60037633 289492298]
 [ 60782468 289401668]
 [ 60057234 289419794]]
...
...

O que eu quero é encontrar todos os vizinhos mais próximos a uma distância específica (digamos 3 metros) e armazenar o resultado para que mais tarde eu possa fazer uma análise mais aprofundada do resultado.

Para a maioria dos pacotes, achei necessário decidir quantos NNs deveriam ser encontrados, mas quero apenas todos dentro da distância definida.

Como posso obter algo assim e qual é a maneira mais rápida e melhor de obter algo assim para um grande conjunto de dados (alguns milhões de pontos)?