Como posso converter o Ensembl ID em um símbolo genético em R?
Eu tenho um data.frame contendo Ensembl IDs em uma coluna; Gostaria de encontrar símbolos genéticos correspondentes para os valores dessa coluna e adicioná-los a uma nova coluna no meu quadro de dados. Usei o bioMaRt, mas ele não conseguiu encontrar nenhum dos IDs do Ensembl!
Aqui estão meus dados de amostra (df[1:2,]):
row.names organism gene
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378
e eu quero algo assim
row.names organism gene id
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 CDKN3
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378 HSPA8
e aqui está o meu código:
library('biomaRt')
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))
genes <- df$genes
df$id <- NA
G_list <- getBM(filters= "ensembl_gene_id", attributes= c("ensembl_gene_id",
"entrezgene", "description"),values=genes,mart= mart)
Então eu recebo isso quando verifico a G_list
[1] ensembl_gene_id entrezgene description <0 rows> (or 0-length row.names)
Portanto, não pude adicionar o G_list ao meu df! porque não há nada a acrescentar!
Desde já, obrigado,