Como tornar os níveis de um fator em um quadro de dados consistentes em todas as colunas?

Eu tenho um quadro de dados com 5 colunas diferentes:

         Test1   Test2   Test3  Test4  Test5 
Sample1  PASS    PASS    FAIL    WARN   WARN
Sample2  PASS    PASS    FAIL    PASS   WARN
Sample3  PASS    FAIL    FAIL    PASS   WARN
Sample4  PASS    FAIL    FAIL    PASS   WARN
Sample5  PASS    WARN    FAIL    WARN   WARN

Em cada coluna, cada nível recebe um fator diferente. Na coluna 1, "PASS" é 1. Na coluna 2, "PASS" é 2 e "FAIL é 1. Na coluna 3," FAIL "é 1. Na coluna 4," PASS "é 1 e" WARN "é 2 Na coluna 5, "WARN" É 1.

Ele está fazendo isso por ordem alfabética. Eu preciso que "PASS" seja 1 em todas as colunas, "WARN" seja 2 em todas as colunas e "FAIL" 3 em todas as colunas, para que eu possa converter em uma matriz e transformá-la em um mapa de calor.

Atualmente, ele está atribuindo os fatores aos níveis, dependendo de quais aparecem em uma coluna específica e por ordem alfabética.

Como posso mantê-lo constante em todo o quadro de dados?

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