¿Cómo hacer que los niveles de un factor en un marco de datos sean consistentes en todas las columnas?

Tengo un marco de datos con 5 columnas diferentes:

         Test1   Test2   Test3  Test4  Test5 
Sample1  PASS    PASS    FAIL    WARN   WARN
Sample2  PASS    PASS    FAIL    PASS   WARN
Sample3  PASS    FAIL    FAIL    PASS   WARN
Sample4  PASS    FAIL    FAIL    PASS   WARN
Sample5  PASS    WARN    FAIL    WARN   WARN

En cada columna, a cada nivel se le asigna un factor diferente. En la columna 1, "PASS" es 1. En la columna 2, "PASS" es 2 y "FAIL es 1. En la columna 3," FAIL "es 1. En la columna 4," PASS "es 1 y" WARN "es 2 En la columna 5, "WARN" IS 1.

Lo está haciendo por orden alfabético. Necesito que "PASS" sea 1 en todas las columnas, "WARN" sea 2 en todas las columnas y "FAIL" 3 en todas las columnas, para poder convertirlo en una matriz y convertirlo en Un mapa de calor.

Actualmente está asignando los factores a los niveles dependiendo de cuáles aparecen en una columna específica, y por orden alfabético.

¿Cómo puedo mantenerlo constante en todo el marco de datos?

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