Acabei de inserir 1 milhão de registros em uma tabela simples de sqlite com cinco colunas. Demorou 18 horas em java usando os drivers jdbc! Eu fiz a mesma coisa em python2.5 e demorou menos de um minuto. A velocidade de consultas selecionadas parece boa. Eu acho que isso é um problema com os drivers jdbc.

Existe um driver mais rápido para sqlite3 em java?

A velocidade de inserir um grande número de linhas é importante para meu script de migração de esquema, e prefiro não ter que usar um script externo para fazer as migrações, se não for necessário.

EDIT: fixo com connection.setAutoCommit (false); Obrigado Mark Rushakoff por me sugerir a solução :)