Eu quero verificar algo, porque na minha cabeça faz sentido, mas em Java, não funciona.

Eu estou tentando executar outro arquivo Jar através do meu aplicativo. Um servidor Minecraft, para ser preciso. Eu tenho todos os princípios básicos (usandoProcessBuilder, executando com argumentos, esperando por um código de saída, etc.), mas há uma coisa que não consigo descobrir. Enviando comandos para o aplicativo. Aqui parte do meuCommandLineSender classe:

public class CommandLineSender extends Thread {

    private BufferedWriter output;
    private InputStream source;  // Set to System.in when creating the object
    private boolean stopRequested;

    public CommandLineSender(Process sendTo, InputStream source) {
        this.output = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(sendTo.getOutputStream()));
        this.source = source;
        System.out.println("Source InputStream initiated: " + source.toString());
        this.stopRequested = false;
    }

    @Override
    public void run() {
        System.out.println("Run called.");
        Scanner cmdScanner = new Scanner(source);
        while (cmdScanner.hasNextLine() && !stopRequested) {
            System.out.println("Has next line");
            String msg = cmdScanner.nextLine();
            write(msg);
            System.out.println("Wrote: " + msg);
        }

        // Close the scanner and BufferedWriter

        System.out.println("Closed.");

    }

    // Other various methods

    protected void write(String msg) {
        try {
            output.write(msg);
        } catch (IOException e) {
            System.err.println("Unable to write message because of an unhandled IOException: " + e.getMessage());
        }

    }

A saída que recebo é esta:

(Default Minecraft server output)

help  // My command
Has next line
Wrote: help

Isso pode não importar, mas estou executando meu servidor com esses argumentos:

java -Xmx1024M -Xms1024M -jar (path to server jar) nogui

Obrigado pelo seu tempo.