Quiero verificar algo, porque en mi cabeza tiene sentido, pero en Java no funciona.

Estoy tratando de ejecutar otro archivo Jar a través de mi aplicación. Un servidor de Minecraft, para ser precisos. Tengo todos los conceptos básicos abajo (usandoProcessBuilder, ejecutando con argumentos, esperando un código de salida, etc.), pero hay una cosa que no puedo entender. Enviando comandos a la aplicación. Aqui parte de miCommandLineSender clase:

public class CommandLineSender extends Thread {

    private BufferedWriter output;
    private InputStream source;  // Set to System.in when creating the object
    private boolean stopRequested;

    public CommandLineSender(Process sendTo, InputStream source) {
        this.output = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(sendTo.getOutputStream()));
        this.source = source;
        System.out.println("Source InputStream initiated: " + source.toString());
        this.stopRequested = false;
    }

    @Override
    public void run() {
        System.out.println("Run called.");
        Scanner cmdScanner = new Scanner(source);
        while (cmdScanner.hasNextLine() && !stopRequested) {
            System.out.println("Has next line");
            String msg = cmdScanner.nextLine();
            write(msg);
            System.out.println("Wrote: " + msg);
        }

        // Close the scanner and BufferedWriter

        System.out.println("Closed.");

    }

    // Other various methods

    protected void write(String msg) {
        try {
            output.write(msg);
        } catch (IOException e) {
            System.err.println("Unable to write message because of an unhandled IOException: " + e.getMessage());
        }

    }

La salida que obtengo es esta:

(Default Minecraft server output)

help  // My command
Has next line
Wrote: help

Esto puede no importar, pero estoy ejecutando mi servidor con estos argumentos:

java -Xmx1024M -Xms1024M -jar (path to server jar) nogui

Gracias por tu tiempo.