Qual é a diferença entre permitir que uma página da Web pré-compilada do Visual Studio seja atualizável e não?

Eu construí um site várias vezes usando o padrão "permitir que este site pré-compilado seja atualizável", no entanto, na compilação mais recente, o site estava muito quebrado. Depois de brincar com o .dll (excluindo e substituindo-os, no bin) notei certas partes do site começando a trabalhar novamente, mas se eu colocar todos os .dll original no site foi quebrado.

Estou usando páginas aspx com várias extensões da web do Ajax. Estes foram adicionados recentemente e podem ser a fonte do problema. Desmarquei o "Permitir que este site pré-compilado seja atualizável" e ele adicionou todos os tipos de arquivos de código extra compilados ao bin, e todos os problemas com o site desapareceram ... o que está acontecendo aqui? Qual foi a diferença?

Não parece haver nenhuma diferença na maneira como atualizo o site, apenas uma publicação direta do Visual Studio a cada vez.

Quaisquer ideias serão apreciadas.

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