¿Cuál es la diferencia entre permitir que una página web de Visual Studio precompilada sea actualizable y no?

He construido un sitio web varias veces utilizando el valor predeterminado "permitir que este sitio precompilado se pueda actualizar", sin embargo, en la compilación más reciente, el sitio web estaba muy dañado. Después de jugar con los .dll's (eliminándolos y reemplazándolos, en la papelera) noté que algunas partes del sitio web comenzaron a funcionar de nuevo, pero si puse todos los archivos .dll originales en el sitio, se rompió.

Estoy usando páginas aspx con varias extensiones web Ajax. Estos se agregaron recientemente y pueden ser la fuente del problema. Desactive la opción "Permitir que este sitio precompilado sea actualizable" y agregó todo tipo de archivos de código compilados adicionales al contenedor, y todos los problemas con el sitio web desaparecieron ... ¿qué está pasando aquí? Cual fue la diferencia

Tampoco parece haber ninguna diferencia en la forma en que actualizo el sitio, solo una publicación directa de Visual Studio cada vez.

Cualquier apreciación sería apreciada.

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