Embora seja provavelmente recomendado um uso e IDE para codificação de projetos java avançados, eu pessoalmente prefiro executar quase inteiramente a linha de comando (usando o gedit como editor de texto). Então, por favor, não apenas me diga "Apenas use eclipse!" ou algo assim: P

Minha pergunta é o que o método de criar um pacote em java é por um comando.

Eu não estou falando sobre o empacotamento de um aplicativo que é executado na linha de comando, estou falando sobre como fazer um pacote na linha de comando. Eu estou fazendo um arquivo de texto? Eu estou fazendo um diretório?

De forma semelhante, como se liga a bibliotecas e nativos relacionados sem o uso de um IDE?

Eu sei que estou sendo muito desajeitado aqui, mas eu realmente prefiro que o controle seja trabalhado na linha de comando.