Como posso extrair os grupos desse regex de um objeto de arquivo (data.txt)?

import numpy as np
import re
import os
ifile = open("data.txt",'r')

# Regex pattern
pattern = re.compile(r"""
                ^Time:(\d{2}:\d{2}:\d{2})   # Time: 12:34:56 at beginning of line
                \r{2}                       # Two carriage return
                \D+                         # 1 or more non-digits
                storeU=(\d+\.\d+)
                \s
                uIx=(\d+)
                \s
                storeI=(-?\d+.\d+)
                \s
                iIx=(\d+)
                \s
                avgCI=(-?\d+.\d+)
                """, re.VERBOSE | re.MULTILINE)

time = [];

for line in ifile:
    match = re.search(pattern, line)
    if match:
        time.append(match.group(1))

O problema na última parte do código é que eu itero linha por linha, o que obviamente não funciona com regex multilinha. Eu tentei usarpattern.finditer(ifile) como isso:

for match in pattern.finditer(ifile):
    print match

... apenas para ver se funciona, mas o método finditer requer uma string ou buffer.

Eu também tentei esse método, mas não consigo fazê-lo funcionar

matches = [m.groups() for m in pattern.finditer(ifile)]

Qualquer ideia?

Após o comentário de Mike e Tuomas, me disseram para usar .read () .. Algo assim:

ifile = open("data.txt",'r').read()

Isso funciona bem, mas seria a maneira correta de pesquisar no arquivo? Não consigo fazê-lo funcionar ...

for i in pattern.finditer(ifile):
    match = re.search(pattern, i)
    if match:
        time.append(match.group(1))

Solução

# Open file as file object and read to string
ifile = open("data.txt",'r')

# Read file object to string
text = ifile.read()

# Close file object
ifile.close()

# Regex pattern
pattern_meas = re.compile(r"""
                ^Time:(\d{2}:\d{2}:\d{2})   # Time: 12:34:56 at beginning of line
                \n{2}                       # Two newlines
                \D+                         # 1 or more non-digits
                storeU=(\d+\.\d+)           # Decimal-number
                \s
                uIx=(\d+)                   # Fetch uIx-variable
                \s
                storeI=(-?\d+.\d+)          # Fetch storeI-variable
                \s
                iIx=(\d+)                   # Fetch iIx-variable
                \s
                avgCI=(-?\d+.\d+)           # Fetch avgCI-variable
                """, re.VERBOSE | re.MULTILINE)

file_times = open("output_times.txt","w")
for match in pattern_meas.finditer(text):
    output = "%s,\t%s,\t\t%s,\t%s,\t\t%s,\t%s\n" % (match.group(1), match.group(2), match.group(3), match.group(4), match.group(5), match.group(6))
    file_times.write(output)
file_times.close()

Talvez ele possa ser escrito de forma mais compacta e pitônica ....