Estou com um problema que a consulta definiu de recuperaçãooid em json, e gostaria de recuperar o nome de usuário real dessa coleção de usuários que tenho abaixo:

class User(db.Document):
    username      = db.StringField(required=True)
    password_hash = db.StringField()
    is_admin      = db.IntField(default=0)

class Message(db.EmbeddedDocument):
    to_users     = db.ListField(db.ReferenceField(User))
    created_at   = db.DateTimeField(default=datetime.now)
    is_read      = db.BooleanField(default=False)
    body         = db.StringField(required=True)

class Inbox(db.Document):
    from_user    = db.ReferenceField(User, required=True)
    subject      = db.StringField(max_length=255, required=True)
    created_at   = db.DateTimeField(default=datetime.now)
    messages     = db.ListField(db.EmbeddedDocumentField(Message))

username = User().get_username()
username = User.objects(username=username).first()

inbox = Inbox.objects.filter(messages__to_users__in=[username]).only('from_user', 'subject', 'created_at').to_json()

E esse é o resultado que eu recebo:

[{"created_at": {"$date": 1401593024844}, "from_user": {"$oid": "538ad45fb43fdd69076d3e64"}, "subject": "test"}]

Seria bom ter algo assim:

[{"created_at": {"$date": 1401593024844}, "from_user": {"username": "holms"}, "subject": "test"}]

ou de alguma forma semelhante como"from_user" : {"User": {"username":"holms"}}

ATUALIZAR

A resposta acima funciona para o ReferenceField que está no Document, mas e as referências do EmbeddedDocument? Digamos que adicionarei "mensagens" a only ()?

In [97]: inbox = Inbox.objects(messages__to_users__in=[username]).only('from_user', 'subject', 'created_at', 'messages').select_related()

Atualmente, encontrei o caminho mapeando o dicionário, o que é bastante doloroso.

In [125]: for entry in inbox:
    item = dict(subject=entry.subject, messages=map(lambda msg: dict(body=msg.body, is_read=msg.is_read, to_users=map(lambda usr: usr.username, msg.to_users)), entry.messages), from_user=entry.from_user.username)
    result.append(item)
   .....:

In [126]: result
Out[126]:
[
 {'from_user': u'holms',
  'messages': [{'body': u'test body',
    'is_read': False,
    'to_users': [u'holms']}],
  'subject': u'test'}]

ATUALIZAÇÃO 2 Parece ser isso feito o truque

 57     def to_json(self):
 58         data = self.to_mongo() # get pymongo representation
 59         data["from_user"] = {"User": {"username": self.from_user.username} }
 60
 61         for key, reply in enumerate(data["messages"]):
 62             for user in self.messages[key].to_users:
 63                 print user.username
 64             reply["to_users"] = {"User": {"username": user.username} }
 65
 66         return json_util.dumps(data)

e você entende isso :)

    {
       "_id":{
          "$oid":"538ad500b43fdd690e2eefb5"
       },
       "from_user":{
          "User":{
             "username":"holms"
          }
       },
       "subject":"test",
       "created_at":{
          "$date":1401593024844
       },
       "messages":[
          {
             "to_users":{
                "User":{
                   "username":"holms"
                }
             },
             "created_at":{
                "$date":1401593024845
             },
             "is_read":false,
             "body":"test body"
          }
       ]

    }