RAD (Rational Application Developer) - Limpar x Publicar x Reiniciar

Atualmente, estou usando a estrutura do Spring 3.0 em um ambiente do websphere 6.1. O IDE que estou usando é o RAD (Rational Application Developer) 7.5. Eu estava trabalhando em um problema ontem à noite e descobri que meu código não estava sendo 100% atualizado no servidor depois de fazer uma alteração no meu espaço de trabalho. Minha pergunta é qual é a diferença da perspectiva da websphere entre os seguintes:

Reiniciando o servidor inteiro com um EAR instaladoLimpando um EAR no WebSphereClicando no projeto e selecionando publicar

Outros IDEs / servidores de aplicativos têm o mesmo tipo de problemas de organização ao desenvolver aplicativos J2EE?

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