Se eu tiver as seguintes entradas na minha tabela cron:

00 03 * * * /java_prog1.sh 
00 5 * * * /java_prog2.sh

O primeiro trabalho geralmente leva cerca de 30 minutos para ser concluído. O segundo trabalho leva cerca de 10 minutos. Existem algumas situações excepcionais em que o primeiro trabalho leva mais de duas horas.

Existe uma maneira de configurar os dois trabalhos para que o segundo não seja iniciado se o primeiro ainda estiver em execução?

Eu já vi vários exemplos usando ferramentas comoflock mas acho que o rebanho não se aplica aqui, pois não estou tentando impedir que o mesmo trabalho seja executado ao mesmo tempo. Estou tentando impedir que outro trabalho seja iniciado se o anterior ainda estiver em execução.