Si tengo las siguientes entradas en mi tabla cron:

00 03 * * * /java_prog1.sh 
00 5 * * * /java_prog2.sh

El primer trabajo generalmente demora alrededor de 30 minutos en completarse. El segundo trabajo lleva unos 10 minutos. Hay algunas situaciones excepcionales en las que el primer trabajo lleva más de dos horas.

¿Hay alguna forma de que pueda configurar los dos trabajos para que el segundo trabajo no se inicie si el primero todavía se está ejecutando?

He visto varios ejemplos usando herramientas comoflock pero creo que el lote no se aplica aquí ya que no estoy tratando de evitar que se ejecute el mismo trabajo al mismo tiempo. Estoy tratando de evitar que se inicie otro trabajo si el anterior todavía se está ejecutando.