Eu escrevi um pouco de código que ajuda na criação de versões de arquivos js. Essencialmente, ele gira em torno do gerenciador de scripts atual e anexa o caminho do arquivo javascript com um hash md5 do arquivo. assim

<script src="../Javascript/Navigation.js" type="text/javascript"></script>

torna-se

<script src="../Javascript/Navigation.js?md5=70D2B4D1F236C7E340D9152B9E4102C3" type="text/javascript"></script>

Eu acho que isso é uma coisa bastante comum para fazer (ou variantes dele). O que eu estou lutando para fazer é pegar os arquivos css na pasta app_themes e fazer o mesmo.

Como faço para entrar e alterar os links css?