Eu tenho um projeto WiX muito simples (versão 3.7) que instala alguns arquivos (um programa .NET versão 6.0.0.0). Estou pronto para lançar uma nova versão 6.0.1.0 usando a funcionalidade MajorUpgrade no WiX.

Estou mantendo o UpgradeCode igual no elemento Product e mudo a versão de 6.0.0.0 para 6.0.1.0

<Product Id="*" Name="MyApp" Version="6.0.1.0" Manufacturer="Me" 
       UpgradeCode="$(var.TheUpgradeCodeGUID)">

Em uma máquina com 6.0.0.0 instalado, eu corro o novo instalador.

A remoção da antiga versão 6.0.0.0 roda ok (todos os arquivos instalados estão sendo removidos), mas quando o instalador continua a instalar a nova versão, 2 arquivos estão faltando: uma DLL de terceiros e um EXE de terceiros (que não tem foi alterado) não estão sendo reinstalados.

<Component Id="AutomaticUpdaterWPF.dll" Guid="*">
        <File Id="AutomaticUpdaterWPF.dll" Source="AutomaticUpdaterWPF.dll" KeyPath="yes" Checksum="yes" />
</Component>
<Component Id="wyUpdaterProgram" Guid="*">
        <File Id="wyUpdaterProgram" Source="wyUpdate.exe" KeyPath="yes" Checksum="yes" />
</Component>

Todos os outros arquivos no <ComponentGroup> (alguns modificados, alguns não modificados, incluindo outras DLLs de terceiros) estão sendo instalados corretamente durante a atualização principal.

Se eu clicar em "reparar" após a atualização principal, os 2 arquivos ausentes aparecerão novamente. Além disso, se eu instalar a versão 6.0.1.0 pela primeira vez (sem atualização, mas a primeira instalação em uma máquina limpa), esses 2 arquivos serão instalados diretamente e normalmente. (testado em várias máquinas Windows (XP, 7 e 8)

Alguém tem alguma sugestão do que está errado e como consertá-lo?