Tengo un proyecto WiX muy simple (versión 3.7) que instala algunos archivos (un programa .NET versión 6.0.0.0). Estoy listo para lanzar una nueva versión 6.0.1.0 usando la funcionalidad MajorUpgrade en WiX.

Mantengo el código de actualización igual en el elemento Producto y cambio la versión de 6.0.0.0 a 6.0.1.0

<Product Id="*" Name="MyApp" Version="6.0.1.0" Manufacturer="Me" 
       UpgradeCode="$(var.TheUpgradeCodeGUID)">

En una máquina con 6.0.0.0 instalado, ejecuto el nuevo instalador.

La eliminación de la versión anterior 6.0.0.0 se ejecuta correctamente (se están eliminando todos los archivos instalados), pero cuando el instalador continúa instalando la nueva versión, faltan 2 archivos: una DLL de terceros y un EXE de terceros (que no tienen ha sido cambiado) no están siendo reinstalados.

<Component Id="AutomaticUpdaterWPF.dll" Guid="*">
        <File Id="AutomaticUpdaterWPF.dll" Source="AutomaticUpdaterWPF.dll" KeyPath="yes" Checksum="yes" />
</Component>
<Component Id="wyUpdaterProgram" Guid="*">
        <File Id="wyUpdaterProgram" Source="wyUpdate.exe" KeyPath="yes" Checksum="yes" />
</Component>

Todos los demás archivos en <ComponentGroup> (algunos modificados, algunos no modificados, incluidos otros DLL de terceros) se están instalando correctamente durante la actualización principal.

Si hago clic en "reparar" después de la actualización principal, vuelven a aparecer los 2 archivos que faltan. Además, si instalo la versión 6.0.1.0 por primera vez (sin actualización, pero la primera instalación en una máquina limpia), entonces esos 2 archivos se instalan directamente y normalmente. (probado en varias máquinas Windows (XP, 7 y 8)

¿Alguien ha sugerido qué está mal y cómo solucionarlo?