Git está mudando as permissões do meu arquivo quando eu envio para o servidor

Eu estou usando o git para gerenciar um site em um servidor.

Eu tenho um repositório local mostrado abaixo

local@workstation:myapp$ ls -l | awk '{k=0;for(i=0;i<=8;i++)k+=((substr($1,i+2,1)~/[rwx]/)*2^(8-i));if(k)printf("%0o ",k);print}'
total 16
755 drwxr-xr-x@ 18 thomas  staff   612 Jun 13 15:35 application
755 drwxr-xr-x@ 11 thomas  staff   374 Jun 12 16:25 assets
644 -rw-r--r--@  1 thomas  staff  6399 Jun 22 11:45 index.php
755 drwxr-xr-x@ 10 thomas  staff   340 May 14 15:22 system

Eu tenho um repositório nu no servidor que usapost-receive para apontar o repo na frente do apache. Apachepublic o conteúdo das pastas está abaixo - não o repositório vazio.

root@server:/srv/public/myapp# ls -l | awk '{k=0;for(i=0;i<=8;i++)k+=((substr($1,i+2,1)~/[rwx]/)*2^(8-i));if(k)printf("%0o ",k);print}'
total 20
700 drwx------ 15 root root 4096 Jun 27 11:31 application
700 drwx------ 10 root root 4096 Jun 27 11:31 assets
600 -rw-------  1 root root 6399 Jun 27 11:31 index.php
700 drwx------  8 root root 4096 Jun 27 11:31 system

Isso está causando caos ao meu código no servidor.

Como posso consertar isso? Eu estou usando gitolite se isso faz alguma diferença.

arquivo de configuração do servidor git

[core]
        repositoryformatversion = 0
        filemode = true
        bare = true

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