Estoy usando git para administrar un sitio web en un servidor.

Tengo un repositorio local que se muestra a continuación

local@workstation:myapp$ ls -l | awk '{k=0;for(i=0;i<=8;i++)k+=((substr($1,i+2,1)~/[rwx]/)*2^(8-i));if(k)printf("%0o ",k);print}'
total 16
755 drwxr-xr-x@ 18 thomas  staff   612 Jun 13 15:35 application
755 drwxr-xr-x@ 11 thomas  staff   374 Jun 12 16:25 assets
644 -rw-r--r--@  1 thomas  staff  6399 Jun 22 11:45 index.php
755 drwxr-xr-x@ 10 thomas  staff   340 May 14 15:22 system

Tengo un repositorio simple en el servidor que usapost-receive Apuntar el repo delante de apache. De apachepublic los contenidos de las carpetas están debajo, no en el repositorio.

root@server:/srv/public/myapp# ls -l | awk '{k=0;for(i=0;i<=8;i++)k+=((substr($1,i+2,1)~/[rwx]/)*2^(8-i));if(k)printf("%0o ",k);print}'
total 20
700 drwx------ 15 root root 4096 Jun 27 11:31 application
700 drwx------ 10 root root 4096 Jun 27 11:31 assets
600 -rw-------  1 root root 6399 Jun 27 11:31 index.php
700 drwx------  8 root root 4096 Jun 27 11:31 system

Esto está causando caos a mi código en el servidor web.

¿Cómo puedo arreglar esto? Estoy usando gitolita si eso hace alguna diferencia.

archivo de configuración del servidor git

[core]
        repositoryformatversion = 0
        filemode = true
        bare = true