Quando (e somente quando) eu saio do meu aplicativo, essas (e somente essas) mensagens repetidas aparecem no prompt de comando:

QObject::startTimer: QTimer can only be used with threads started with QThread
QObject::startTimer: QTimer can only be used with threads started with QThread
QObject::startTimer: QTimer can only be used with threads started with QThread

Isso é muito estranho para mim, porque eu nunca uso o QTimer no meu código (ou QThread). Na verdade, nenhum erro ou falha acontece usando o aplicativo, então isso não é um problema real, na verdade. Isso acontece nos sistemas operacionais Windows e Linux.

Todas as minhas importações:

from __future__ import print_function
from PyQt4.QtGui import (QApplication, QMainWindow,
                         QFileSystemModel, QTreeView, QTableView,
                         QAbstractItemView, QMenu, QAction, QKeyEvent)
from PyQt4.QtCore import QDir, Qt, SIGNAL, QString, QFileInfo, QCoreApplication
import sys

A principal função:

def main():
    app = QApplication(sys.argv)
    app.setApplicationName("QFM")
    app.setStyle("plastique")
    gui = MainWindow()
    gui.show()
    app.exec_()

Talvez possa ser algo relacionado ao QFileSystemWatcher (usado pelo QFileSystemModel), eu acho ... talvez ele use alguns recursos do QTimer.