É possível criar uma mensagem modal customizada que 'bloqueia' a execução do script até uma entrada do usuário?

Por exemplo, como você pode conseguir isso sem usar as funções de alerta / prompt da janela nativa?

setInterval(function(){ 
     alert('Click OK to Continue');  // timing stops until user hits ok
},4000);

Eu sei que você poderia ter seu diálogo personalizado invocar uma função de retorno de chamada na entrada do usuário, mas estou interessado em poder forçar esse comportamento de bloqueio