Como recuperar uma string XML muito longa de um banco de dados SQL com R?
Eu tenho um script para obter um arquivo XML de um banco de dados SQL. Aqui está como eu faço isso:
library(RODBC)
library(XML)
myconn <- odbcConnect("mydsn")
query.text <- "SELECT xmlfield FROM db WHERE id = 12345"
doc <- sqlQuery(myconn, query.text, stringsAsFactors=FALSE)
doc <- iconv(doc[1,1], from="latin1", to="UTF-8")
doc <- xmlInternalTreeParse(doc, encoding="UTF-8")
No entanto, a análise não funcionou para uma determinada linha do banco de dados, embora tenha funcionado quando copiei o conteúdo desse campo em um arquivo separado e analisei o arquivo. Após dois dias de "tentativa e erro", identifiquei o problema principal. Parece que consultar arquivos XML curtos desta maneira não causa nenhum problema, mas quando eu consultar arquivos maiores, a string é cortada após 65534 caracteres. Portanto, o final do arquivo XML está faltando e o arquivo não pode ser analisado.
Eu pensei que isso poderia ser uma restrição geral das conexões ODBC no meu computador. No entanto, outro programa que também usa o ODBC para obter o mesmo campo XML do mesmo banco de dados faz isso sem problemas. Então eu acho que é umRproblema específico.
Alguma idéia de como consertar isso?