Tengo un script para obtener un archivo XML de una base de datos SQL. Así es como hago esto:

library(RODBC)
library(XML)

myconn <- odbcConnect("mydsn")

query.text <- "SELECT xmlfield FROM db WHERE id = 12345"
doc <- sqlQuery(myconn, query.text, stringsAsFactors=FALSE)
doc <- iconv(doc[1,1], from="latin1", to="UTF-8")
doc <- xmlInternalTreeParse(doc, encoding="UTF-8")

Sin embargo, el análisis no funcionó para una fila de base de datos en particular, aunque funcionó cuando copié el contenido de este campo en un archivo separado y analicé el archivo. Después de dos días de "prueba y error", identifiqué el problema principal. Parece que consultar archivos XML cortos de esta manera no causa ningún problema, pero cuando pregunto archivos más grandes, la cadena se corta después de 65534 caracteres. Por lo tanto, falta el final del archivo XML y el archivo no se puede analizar.

Pensé que esto podría ser una restricción general de las conexiones ODBC en mi computadora. Sin embargo, otro programa que también utiliza ODBC para obtener el mismo campo XML de la misma base de datos hace esto sin ningún problema. Así que supongo que es unaRProblema específico.

¿Alguna idea para solucionarlo?