Como evitar sobreposição de nós no graphviz?

Eu estou tentando desenhar um gráfico com muitos nós e bordas.

No entanto, o gráfico está se tornando muito desajeitado, com nós e bordas se sobrepondo. Eu tentei (sem sucesso), o seguinte, todas ou combinações destes.

size = "12.0, 20.0!";
margin  = 0.0;
len = 1.0;

estou usandoneato para gerar um arquivo png.

A especificação de tamanho nem parecia funcionar.

Quaisquer dicas serão bem-vindas.

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