¿Cómo evitar la superposición de nodos en graphviz?

Estoy tratando de dibujar una gráfica con muchos nodos y aristas.

Sin embargo, la gráfica se está volviendo demasiado torpe, con nodos y bordes superpuestos. Intenté (sin éxito), lo siguiente, todos o combinaciones de estos.

size = "12.0, 20.0!";
margin  = 0.0;
len = 1.0;

estoy usandoneato para generar un archivo png.

La especificación de tamaño ni siquiera parece funcionar.

Cualquier consejo será apreciado.

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