predict_proba ou decision_function como estimador “confiança”

Estou usando LogisticRegression como modelo para treinar um estimador em scikit-learn. Os recursos que uso são (principalmente) categóricos; e assim são os rótulos. Portanto, eu uso um DictVectorizer e um LabelEncoder, respectivamente, para codificar os valores corretamente.

A parte de treinamento é bastante simples, mas estou tendo problemas com a parte de teste. A coisa simples a fazer é usar o método "prever" do modelo treinado e obter o rótulo previsto. No entanto, para o processamento que preciso fazer depois, preciso da probabilidade de cada rótulo (classe) possível para cada instância específica. Eu decidi usar o método "predict_proba". No entanto, obtenho resultados diferentes para a mesma instância de teste, independentemente de usar este método quando a instância é por si só ou acompanhada por outros.

Em seguida, é um código que reproduz o problema.

from sklearn.linear_model import LogisticRegression
from sklearn.feature_extraction import DictVectorizer
from sklearn.preprocessing import LabelEncoder


X_real = [{'head': u'n\xe3o', 'dep_rel': u'ADVL'}, 
          {'head': u'v\xe3o', 'dep_rel': u'ACC'}, 
          {'head': u'empresa', 'dep_rel': u'SUBJ'}, 
          {'head': u'era', 'dep_rel': u'ACC'}, 
          {'head': u't\xeam', 'dep_rel': u'ACC'}, 
          {'head': u'import\xe2ncia', 'dep_rel': u'PIV'}, 
          {'head': u'balan\xe7o', 'dep_rel': u'SUBJ'}, 
          {'head': u'ocupam', 'dep_rel': u'ACC'}, 
          {'head': u'acesso', 'dep_rel': u'PRED'}, 
          {'head': u'elas', 'dep_rel': u'SUBJ'}, 
          {'head': u'assinaram', 'dep_rel': u'ACC'}, 
          {'head': u'agredido', 'dep_rel': u'SUBJ'}, 
          {'head': u'pol\xedcia', 'dep_rel': u'ADVL'}, 
          {'head': u'se', 'dep_rel': u'ACC'}] 
y_real = [u'AM-NEG', u'A1', u'A0', u'A1', u'A1', u'A1', u'A0', u'A1', u'AM-ADV', u'A0', u'A1', u'A0', u'A2', u'A1']

feat_encoder =  DictVectorizer()
feat_encoder.fit(X_real)

label_encoder = LabelEncoder()
label_encoder.fit(y_real)

model = LogisticRegression()
model.fit(feat_encoder.transform(X_real), label_encoder.transform(y_real))

print "Test 1..."
X_test1 = [{'head': u'governo', 'dep_rel': u'SUBJ'}]
X_test1_encoded = feat_encoder.transform(X_test1)
print "Features Encoded"
print X_test1_encoded
print "Shape"
print X_test1_encoded.shape
print "decision_function:"
print model.decision_function(X_test1_encoded)
print "predict_proba:"
print model.predict_proba(X_test1_encoded)

print "Test 2..."
X_test2 = [{'head': u'governo', 'dep_rel': u'SUBJ'}, 
           {'head': u'atrav\xe9s', 'dep_rel': u'ADVL'}, 
           {'head': u'configuram', 'dep_rel': u'ACC'}]

X_test2_encoded = feat_encoder.transform(X_test2)
print "Features Encoded"
print X_test2_encoded
print "Shape"
print X_test2_encoded.shape
print "decision_function:"
print model.decision_function(X_test2_encoded)
print "predict_proba:"
print model.predict_proba(X_test2_encoded)


print "Test 3..."
X_test3 = [{'head': u'governo', 'dep_rel': u'SUBJ'}, 
           {'head': u'atrav\xe9s', 'dep_rel': u'ADVL'}, 
           {'head': u'configuram', 'dep_rel': u'ACC'},
           {'head': u'configuram', 'dep_rel': u'ACC'},]

X_test3_encoded = feat_encoder.transform(X_test3)
print "Features Encoded"
print X_test3_encoded
print "Shape"
print X_test3_encoded.shape
print "decision_function:"
print model.decision_function(X_test3_encoded)
print "predict_proba:"
print model.predict_proba(X_test3_encoded)

A seguir, a saída obtida:

Test 1...
Features Encoded
  (0, 4)    1.0
Shape
(1, 19)
decision_function:
[[ 0.55372615 -1.02949707 -1.75474347 -1.73324726 -1.75474347]]
predict_proba:
[[ 1.  1.  1.  1.  1.]]
Test 2...
Features Encoded
  (0, 4)    1.0
  (1, 1)    1.0
  (2, 0)    1.0
Shape
(3, 19)
decision_function:
[[ 0.55372615 -1.02949707 -1.75474347 -1.73324726 -1.75474347]
 [-1.07370197 -0.69103629 -0.89306092 -1.51402163 -0.89306092]
 [-1.55921001  1.11775556 -1.92080112 -1.90133404 -1.92080112]]
predict_proba:
[[ 0.59710757  0.19486904  0.26065002  0.32612646  0.26065002]
 [ 0.23950111  0.24715931  0.51348452  0.3916478   0.51348452]
 [ 0.16339132  0.55797165  0.22586546  0.28222574  0.22586546]]
Test 3...
Features Encoded
  (0, 4)    1.0
  (1, 1)    1.0
  (2, 0)    1.0
  (3, 0)    1.0
Shape
(4, 19)
decision_function:
[[ 0.55372615 -1.02949707 -1.75474347 -1.73324726 -1.75474347]
 [-1.07370197 -0.69103629 -0.89306092 -1.51402163 -0.89306092]
 [-1.55921001  1.11775556 -1.92080112 -1.90133404 -1.92080112]
 [-1.55921001  1.11775556 -1.92080112 -1.90133404 -1.92080112]]
predict_proba:
[[ 0.5132474   0.12507868  0.21262531  0.25434403  0.21262531]
 [ 0.20586462  0.15864173  0.4188751   0.30544372  0.4188751 ]
 [ 0.14044399  0.3581398   0.1842498   0.22010613  0.1842498 ]
 [ 0.14044399  0.3581398   0.1842498   0.22010613  0.1842498 ]]

Como pode ser visto, os valores obtidos com "predict_proba" para a instância em "X_test1" mudam quando essa mesma instância é com outros no X_test2. Além disso, "X_test3" apenas reproduz o "X_test2" e adiciona mais uma instância (que é igual à última em "X_test2"), mas os valores de probabilidade para todos eles mudam. Por que isso acontece? Além disso, acho realmente estranho que TODAS as probabilidades de "X_test1" sejam 1, a soma de todas não deveria ser 1?

Agora, se ao invés de usar o "predict_proba" eu uso o "decision_function", eu obtenho a consistência nos valores obtidos que eu preciso. O problema é que obtenho coeficientes negativos, e até alguns dos positivos são maiores que 1.

Então, o que devo usar? Por que os valores de "predict_proba" mudam dessa maneira? Eu não estou entendendo corretamente o que esses valores significam?

Agradecemos antecipadamente por qualquer ajuda que você poderia me dar.

ATUALIZAR

Como sugerido, eu mudei o código para também imprimir o codificado "X_test1", "X_test2" e "X_test3", bem como suas formas. Isso não parece ser o problema, pois a codificação é consistente para as mesmas instâncias entre os conjuntos de teste.

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