como comparar elementos em uma matriz de string em java?

Eu estou tentando encontrar palavras duplicadas em uma matriz de seqüência de caracteres.

Aqui está o meu código para a comparação:

   for ( int j = 0 ; j < wordCount ; j++)
   {    
       for (int i = wordCount-1 ; i > j ; i--)
       {       
           if (stringArray[i].compareTo(stringArray[j]) == 0 && i!=j)
           {
               //duplicate
               duplicates++;
           }
       }
   }
   wordCount -= duplicates;
   System.out.print("\nNumber of words, not including duplicates: " + wordCount);

na declaração if, dizNullPointerException. O que isto significa? Existe uma maneira melhor de fazer isso? Eu tentei simplesmente fazer

if (stringArray[i] == stringArray[j] && i!=j)

mas isso continuou me dando respostas erradas.

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