Resultados de la búsqueda a petición "snakemake"
Manejo de error SIGPIPE en snakemake
El siguiente script de serpiente de serpiente: rule all: input: 'test.done' rule pipe: output: 'test.done' shell: """ seq 1 10000 | head > test.done """falla con el siguiente error: snakemake -s test.snake Provided cores: 1 Rules claiming more ...
Thread.py error snakemake
Estoy tratando de ejecutar un archivo simple de serpiente de una regla de la siguiente manera: resources_dir='resources' rule downloadReference: output: fa = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta', fai = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta.fai', ...
¿Cómo utilizar expandir en snakemake cuando no se desean algunas combinaciones particulares de comodines?
Supongamos que tengo los siguientes archivos, en los cuales quiero aplicar algún procesamiento automáticamente usando snakemake: test_input_C_1.txt test_input_B_2.txt test_input_A_2.txt test_input_A_1.txtLos siguientes usos de snakefileexpand ...
¿Cómo seleccionar todos los archivos de una muestra?
Tengo un problema para descubrir cómo hacer que la directiva de entrada solo seleccione todos{samples} archivos en la siguiente regla. rule MarkDup: input: expand("Outputs/MergeBamAlignment/{samples}_{lanes}_{flowcells}.merged.bam", zip, ...