Resultados da pesquisa a pedido "snakemake"
Manipulando o erro SIGPIPE no snakemake
O seguinte script snakemake: rule all: input: 'test.done' rule pipe: output: 'test.done' shell: """ seq 1 10000 | head > test.done """falha com o seguinte erro: snakemake -s test.snake Provided cores: 1 Rules claiming more threads will ...
Como usar o expand in snakemake quando algumas combinações particulares de curingas não são desejadas?
Vamos supor que eu tenho os seguintes arquivos, nos quais desejo aplicar algum processamento automaticamente usando o snakemake: test_input_C_1.txt test_input_B_2.txt test_input_A_2.txt test_input_A_1.txtOs seguintes usos do arquivo de ...
Erro Thread.py snakemake
Estou tentando executar um arquivo snakemake de uma regra simples da seguinte maneira: resources_dir='resources' rule downloadReference: output: fa = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta', fai = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta.fai', shell: ...
Como selecionar todos os arquivos de uma amostr
Eu tenho um problema em descobrir como fazer a diretiva de entrada selecionar apenas todos os{samples}rquivos na regra abaix rule MarkDup: input: expand("Outputs/MergeBamAlignment/{samples}_{lanes}_{flowcells}.merged.bam", zip, ...