Resultados de la búsqueda a petición "snakemake"
¿Cómo utilizar expandir en snakemake cuando no se desean algunas combinaciones particulares de comodines?
Supongamos que tengo los siguientes archivos, en los cuales quiero aplicar algún procesamiento automáticamente usando snakemake: test_input_C_1.txt test_input_B_2.txt test_input_A_2.txt test_input_A_1.txtLos siguientes usos de snakefileexpand ...
Thread.py error snakemake
Estoy tratando de ejecutar un archivo simple de serpiente de una regla de la siguiente manera: resources_dir='resources' rule downloadReference: output: fa = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta', fai = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta.fai', ...
Manejo de error SIGPIPE en snakemake
El siguiente script de serpiente de serpiente: rule all: input: 'test.done' rule pipe: output: 'test.done' shell: """ seq 1 10000 | head > test.done """falla con el siguiente error: snakemake -s test.snake Provided cores: 1 Rules claiming more ...
¿Cómo seleccionar todos los archivos de una muestra?
Tengo un problema para descubrir cómo hacer que la directiva de entrada solo seleccione todos{samples} archivos en la siguiente regla. rule MarkDup: input: expand("Outputs/MergeBamAlignment/{samples}_{lanes}_{flowcells}.merged.bam", zip, ...