Uso de iGraph en python para la detección de la comunidad y escritura del número de comunidad para cada nodo en CSV

Tengo una red que me gustaría analizar usando eledge_betweenness algoritmo de detección de la comunidad en iGraph. Estoy familiarizado con NetworkX, pero estoy tratando de aprender iGraph debido a sus métodos de detección de comunidad adicionales ...

Heurística de clusterización jerárquica

Quiero explorar las relaciones entre los elementos de datos en una gran variedad. Cada elemento de datos representado por un vector multidimensional. En primer lugar, he decidido usar la agrupación. Estoy interesado en encontrar relaciones ...

Agrupamiento de texto con distancias de Levenshtein

Tengo un conjunto (2k - 4k) de cadenas pequeñas (3-6 caracteres) y quiero agruparlas. Desde que uso cadenas, respuestas anteriores en¿Cómo funciona el cluste...

Colorea las etiquetas de las marcas en un dendrograma para que coincida con los colores del grupo

¿Cómo puedo colorear individualmente las etiquetas de un dendrograma para que coincidan con los colores de los grupos en MATLAB? Aquí hay un ejemplo de salida deseada generada usando el código en mi respuesta a continuación (tenga en cuenta que ...

Dendrograma de poda en scipy (agrupamiento jerárquico)

Cómo obtener identificadores de clúster no singleton en clúster jerárquico scipy

De acuerdo aesta [http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.dendrogram.html#scipy.cluster.hierarchy.dendrogram] podemos obtener etiquetas para grupos no singleton. Intenté esto con un simple ejemplo. import ...

Cortar dendrograma en n árboles con un tamaño mínimo de racimo en R

Estoy tratando de usar clustering hirearchical (específicamente

¿Cómo darle a sns.clustermap una matriz de distancia calculada previamente?

Por lo general, cuando hago dendrogramas y mapas de calor, uso una matriz de distancia y hago un montón deSciPy cosas. Quiero probarSeaborn peroSeaborn quiere mis datos en forma rectangular (filas = muestras, cols = atributos, no una matriz de ...

Cómo crear un mapa de calor con un grupo jerárquico externo fijo

Tengo una matriz de datos, y quiero visualizarla con mapa de calor. Las filas son especies, así que quiero visualizar el árbol filogenético a un lado de las ...

Colorear ramas de dendrograma usando una columna existente

Tengo un marco de datos que estoy tratando de agrupar. estoy usandohclust ahora mismo. En mi marco de datos, hay unFLAG columna en la que me gustaría colorear el dendrograma. Por la imagen resultante, estoy tratando de descubrir similitudes entre ...