Tengo un applet que firma el documento y envía un documento, firma y certificado al lado del servidor. En el lado del servidor, el portlet recibe estos 3 archivos, todos los archivos se almacenan en formato base64, pero cuando intento obtener el certificado, se genera una excepción.

java.security.cert.CertificateException: Could not parse certificate: java.io.IOException: Empty input
at sun.security.provider.X509Factory.engineGenerateCertificate(X509Factory.java:104)

código lateral del applet:

public static byte[] certificate;

public static String getCertificateString() {
        String str = "";
        byte[] result = null;
        result = Base64.encode(certificate);
        for (int i = 0; i < result.length; i++) {
            str += (char) (result[i]);
        }
        return str;
    }

    //initialization of certificate from the store
    Certificate cert = store.getCertificate(aliasKey);
    certificate = cert.toString().getBytes();

Después de esto, envío un certificado al portlet, donde es necesario verificar el signo. Pero la conversión del certificado ha fallado.

código de portlet:

String certificate = request.getParameter("cert");
byte[] cert_array = Base64.decode(certificate.getBytes());
try {
    cert = CertificateFactory.getInstance("X509").generateCertificate(new ByteArrayInputStream(cert_array));
}catch(Exception e){
    e.printStackTrace();
}

Y en este punto, en el bloque try, se levanta la excepción.