Quando tento converter uma string com certificado, a exceção é levantada

Eu tenho um applet que assina documento e envia um documento, sinal e certificado para o lado do servidor. No portlet do lado do servidor recebe esses 3 arquivos, todos os arquivos são armazenados no formato base64, mas quando eu tento obter o certificado ele gera exceção

java.security.cert.CertificateException: Could not parse certificate: java.io.IOException: Empty input
at sun.security.provider.X509Factory.engineGenerateCertificate(X509Factory.java:104)

código do lado do applet:

public static byte[] certificate;

public static String getCertificateString() {
        String str = "";
        byte[] result = null;
        result = Base64.encode(certificate);
        for (int i = 0; i < result.length; i++) {
            str += (char) (result[i]);
        }
        return str;
    }

    //initialization of certificate from the store
    Certificate cert = store.getCertificate(aliasKey);
    certificate = cert.toString().getBytes();

depois disso eu envio certificado para o portlet, onde preciso verificar o sinal. Mas a conversão do certificado falhou.

código do portlet:

String certificate = request.getParameter("cert");
byte[] cert_array = Base64.decode(certificate.getBytes());
try {
    cert = CertificateFactory.getInstance("X509").generateCertificate(new ByteArrayInputStream(cert_array));
}catch(Exception e){
    e.printStackTrace();
}

E neste momento, no bloco try, a exceção é levantada

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