Probablemente haya una solución muy fácil para mi problema, pero no pude encontrar una respuesta satisfactoria en línea.

Usando el siguiente comando, pude crear el siguiente gráfico de diagrama de caja y superponerlo con los puntos de datos individuales:

ggplot(data = MYdata, aes(x = Age, y = Richness)) + 
  geom_boxplot(aes(group=Age)) + 
  geom_point(aes(color = Age))

Hay varias cosas que me gustaría agregar / cambiar:

1. Cambie el color de la línea y / o el relleno de cada diagrama de caja (según la "Edad") usando 6 colores diferentes de izquierda a derecha:

c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00")

Lo intenté

ggplot(data = MYdata, aes(Age, Richness)) + 
  geom_boxplot(aes(group=Age)) + 
  scale_colour_manual(values = c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", 
                                 "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00")) 

pero resulta en una"Continuous value supplied to discrete scale" error.

2. Cambie el color de cada punto de datos (según la "Edad") utilizando 6 colores diferentes de izquierda a derecha:

c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00")

Lo intenté:

ggplot(data = MYdata, aes(Age, Richness)) + 
  geom_boxplot(aes(group=Age)) + 
  geom_point(aes(color = Age)) + 
  scale_colour_manual(values = c("#E69F00", "#56B4E9", "#009E73", 
                                 "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00")) 

pero también resulta en un error:

Valor continuo suministrado a escala discreta.

3. Cambie el texto en la leyenda a "0 mes", "1 mes", "3 meses", "6 meses", "9 meses", "12 meses"