¿Cómo insertar valores en una matriz bidimensional programáticamente?

Quiero hacer esto dinámicamente en java. Sé cómo insertar valores en una matriz unidimensional. Estoy un poco confundido en una matriz bidimensional.

static final String shades[][] = {


 // Shades of grey
  {
    "lightgrey", 
    "dimgray", 
    "sgi gray 92", 
  },
 // Shades of blue
  {
    "dodgerblue 2", 
    "steelblue 2", 
    "powderblue", 
  },
// Shades of yellow
  {
    "yellow 1",
    "gold 1",
    "darkgoldenrod 1", 
  },
 // Shades of red
  {
    "indianred 1", 
    "firebrick 1", 
    "maroon", 
  }
};

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