ffmpeg -i infile.avi out.mp4 produce MP4 no fragmentado.

¿Cómo obtengo mp4 fragmentado?

Actualiza Un archivo mp4 fragmentado se divide internamente en varios fragmentos consecutivos o fragmentos de película MPEG-4. Cada fragmento tiene su propio átomo de moof, por lo que hay varios átomos de moof intercalados en el archivo en lugar de un solo moov al final, como en el caso de un mp4 no fragmentado. Esto facilita la transmisión a través de redes lentas en las que está involucrado el almacenamiento en búfer

Hay varias herramientas como mp4box que convierten un mp4 normal en uno fragmentado. Lamentablemente, no podemos usar algo como esto

ffmpeg <options to output mp4> | mp4box

dado que ffmpeg no produce resultados buscables mientras produce contenedores mp4.