He implementado el jFileChooser en mi programa de línea de comandos y funciona, tal como debería con un solo problema molesto. Parece que se abre debajo de cada ventana sin ninguna alerta de ningún tipo. De hecho, incluso me lo perdí un par de veces al principio, lo que me llevó a creer que lo había implementado mal.

He implementado esto de la siguiente manera:

System.out.println("Please select the file");
JFileChooser fc = new JFileChooser();
int retValue = fc.showOpenDialog(new JPanel());
if(retValue == JFileChooser.APPROVE_OPTION){
    g.inputFile = fc.getSelectedFile();
}else {
    System.out.println("Next time select a file.");
    System.exit(1);
}

Esencialmente solo quiero el jFileChooser para que el usuario seleccione un archivo como archivo de entrada. Este es el único componente que necesita una implementación de GUI, por lo que si puedo evitar escribir una GUI, sería útil.