Я реализовал jFileChooser в моей программе командной строки, и он работает, как и должно быть, только с одной раздражающей проблемой. Кажется, что он открывается под каждым окном без какого-либо предупреждения. На самом деле я даже пропустил это пару раз, поначалу заставляя меня поверить, что я это неправильно реализовал.

Я реализовал это следующим образом:

System.out.println("Please select the file");
JFileChooser fc = new JFileChooser();
int retValue = fc.showOpenDialog(new JPanel());
if(retValue == JFileChooser.APPROVE_OPTION){
    g.inputFile = fc.getSelectedFile();
}else {
    System.out.println("Next time select a file.");
    System.exit(1);
}

По сути, я только хочу jFileChooser, чтобы пользователь выбрал файл в качестве входного файла. Это единственный компонент, который нуждается в реализации GUI, поэтому, если я могу избежать написания GUI, это будет полезно.