Estoy seguro de que no entiendo completamente este problema, pero parece que estamos viendo un comportamiento extraño en IE9 en mi proyecto, de alguna manera relacionado con la ejecución de JavaScript fuera de orden que se ha inyectado a través de llamadas adocument.write, p.ej.

document.write('<scr'+'ipt type="text/javascript" src="'+file1+'"></src'+'ipt>');
document.write('<scr'+'ipt type="text/javascript" src="'+file2+'"></src'+'ipt>');
document.write('<scr'+'ipt type="text/javascript" src="'+file3+'"></src'+'ipt>');

Mi limitada investigación de Google sugiere que IE9 ejecutará scripts inyectados de esta manera en un orden diferente al de otros navegadores (en particular, Firefox y Chrome). ¿Existe una mejor manera de lograr lo que buscamos aquí, que garantice el mismo orden de ejecución para todos los navegadores?

Retiro eso: realmente no nos importatodo navegadores, solo Chrome e IE9.