ASP.Net Master Page y problemas de ruta de archivo

Estoy tratando de agregar una referencia de script a jQuery en mi página maestra para que funcione para cualquier página. Actualmente se ve así

<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>

El problema es que la ruta siempre es relativa a la página aspx en ejecución, por lo que esto solo funcionará si el archivo "jquery.js" se encuentra en la misma carpeta. Para que funcione, tengo que cambiar la línea a:

<script type="text/javascript" src="../../jquery.js"></script>

Esto obviamente es menos que ideal porque solo funcionará para páginas que están a dos niveles de profundidad de la carpeta raíz. Si intento lo siguiente, IIS arroja un error sobre un carácter inesperado.

<script runat="server" type="text/javascript" src="~/jquery.js"></script>

¿Algunas ideas

EDITAR Olvidé mencionar también que el guión DEBE estar en la etiqueta principal

La respuesta principal actual arroja un " El marco del lado del cliente de ASP.NET Ajax no se pudo cargar. "error cuando lo agrego a mi página maestra. Se lanza desde javascript y no desde el compilador .Net. Si muevo el ScriptManager a la sección de cabecera donde debería estar, obtengo un error de compilación sobre el ScriptManager que necesita estar dentro de un formulario etiqueta

La tercera respuesta arroja un " Caracteres ilegales en la ruta. "excepción del compilador

EDIT 2: Cuando agrego esa línea a mi etiqueta principal, recibo este error de IIS.

La colección de controles no se puede modificar porque el control contiene bloques de código (es decir, <% ...%>)

RESUELTO: Tomé la respuesta editada de la respuesta a continuación y la puse dentro de unaasp: ContentPlaceHolder elemento

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