Problemas da página mestra do ASP.Net e do caminho do arquivo

Estou tentando adicionar uma referência de script ao jQuery na minha página mestra para que funcione em qualquer página. Atualmente, parece com isso

<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>

O problema é que o caminho é sempre relativo à página aspx em execução, portanto isso só funcionará se o arquivo "jquery.js" estiver localizado na mesma pasta. Para fazê-lo funcionar, tenho que mudar a linha para:

<script type="text/javascript" src="../../jquery.js"></script>

Isso obviamente é menos do que o ideal, pois funcionará apenas para páginas com dois níveis de profundidade da pasta raiz. Se eu tentar o seguinte, o IIS lançará um erro sobre um caractere inesperad

<script runat="server" type="text/javascript" src="~/jquery.js"></script>

Alguma ideia

EDITAR Esqueci de mencionar também que o script DEVE estar na tag head

A resposta atual atual gera um " estrutura do lado do cliente do ASP.NET Ajax falhou ao carrega "quando o adiciono à minha página mestre. É lançado do javascript e não do compilador .Net. Se eu mover o ScriptManager para a seção principal onde deveria estar, recebo um erro de compilação sobre o ScriptManager que precisa estar dentro de um formulário tag.

A terceira resposta lança um "aracteres ilegais no caminh "exceção do compilador

EDIT 2: Quando adiciono essa linha à minha tag head, recebo esse erro do II

A coleção Controls não pode ser modificada porque o controle contém blocos de código (ou seja, <% ...%>)

SOLVED: Peguei a resposta editada da resposta abaixo e coloquei dentro de umasp: ContentPlaceHolder element

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